Jean François Valarchers forskning handlar om sätt att förebygga och bekämpa virussjukdomar hos nötkreatur. I början fokuserade han på luftvägssjukdomar hos kalvar och BRSV (bovint respiratoriskt syncytialt virus), och sedermera tog han fram vaccinkandidater mot BRSV och blåtungevirus. Han har också ägnat sig åt allvarliga gränsöverskridande sjukdomar, såsom mul- och klövsjuka. Idag arbetar han fortsatt med att klarlägga sjukdomsmekanismer och utveckla nya kontrollmetoder.