Flora Hajdus forskning handlar om människors liv och försörjningsmöjligheter på landsbygden i framförallt södra och östra Afrika. Hon försöker förstå de lokala perspektiven på policyer och utvecklingsprojekt för att kunna undersöka de problem och missanpassningar som ofta uppstår när lokala behov möter insatser utifrån. Hon har bland annat studerat effekter av projekt som rör jordbruksutveckling, fattigdomsbekämpning och sociala trygghetssystem. På senare år har hon även undersökt hur svensk klimatkompensering genom trädplantering i östra Afrika påverkar lokalbefolkningen.