Eva Skiöldebrands huvudsakliga forskningsområde är ledsjukdomen artros (osteoartrit) hos hästar, med tillämpningar även inom humanmedicin.

Hon har bl.a. identifierat biomarkörer (sjukdomsspecifika ämnen) i form av små fragment av broskvävnad som kan påvisas i t.ex. blodprov. Med hjälp av dessa kunskaper utvecklar hon nu metoder som kan utnyttjas för att diagnostisera artros i ett tidigt skede, vilket ökar möjligheterna till framgångsrik behandling.

Ett annat forskningsområde är multisjukdom som uppkommer genom att inflammationer sprids mellan olika organ.