Erik Bongcam-Rudloffs arbete handlar om analys av mycket stora mängder biologiska och genetiska data. Hans forskning handlar huvudsakligen om utvecklingen av bioinformatiklösningar för livsvetenskaperna. Tillämpningar finns inom forskningsområden som husdjursavel, datavetenskap, matematik, naturvetenskap, teknik och medicin. Erik Bongcam-Rudloff utvecklar och driver också komplexa tvärvetenskapliga nätverksprojekt både i och utanför Europa.