Anders Karlssons forskning handlar om köttkvalitet; hur egenskaper såsom mörhet, färg, smak, och vattenhållande förmåga påverkas av genetiska faktorer och produktionsfaktorer såsom utfodring och skötsel. För att lösa kvalitetsproblem krävs grundläggande förståelse för muskelns anatomi, fysiologi och ämnesomsättning. Anders Karlsson har tidigare fokuserat på grisar, och i viss mån på fjäderfä. Idag arbetar han främst med idisslare, och försöker förstå hur utfodringsstrategier och genotyper, men också djurvälfärd och samspelet mellan människa och djur, kan påverka köttets ätkvalitet.